Хабрахабр

Сценарии заражения в конкретных городах на основе датасета передвижения людей по России


Статистика для Москвы в сценарии «люди стараются сидеть по домам, нет авиасообщения» — к ноябрю модель показывает 5 миллионов переболевших. Это ограниченный прогноз на основе неполных данных, ниже будут детали. За ноль принято 22 марта.

В мире было создано несколько моделей распространения инфекции, но ни одна не подходила нормально для России, либо опиралась на плотность населения без правильного графа перемещений людей. Почему? Потому что либо он получается так сложно, что вы окосеете его согласовывать, либо ни у кого в одном месте этого датасета просто нет.

Кроме нас.

Туту.ру с радостью делится данными с журналистами уже 16 лет (огромная часть новостей в духе «Заметен аномальный спрос на Анталию» — это нарезка наших информационных витрин). Но мы исторически никогда не раскрывали сами данные по перемещениям людей целыми блоками.

Мы собрали датасет передвижений людей по России за апрель 2019 и передали его в сообщество Open Data Science. Если вы их не знаете — это объединение преимущественно русских дата-сайнтистов (но со всего мира), которое перерабатывает открытые данные на полезные модели. Некоммерчески.

Ниже выводы, таблица с прогнозом по каждому крупному городу, сам датасет (если вы хотите попробовать с ним что-то сделать). Про то, как работает модель и какая математика и ограничения лежат внутри, расскажет ODS через пару часов. И выложит исходники.

Датасет

Это то, как люди путешествовали по стране за прошлый апрель-2019 (с некоторыми погрешностями). Датасет представляет собой набор векторов от города к городу (первый указанный город — откуда, второй — куда), вид транспорта и число пассажиров, восстановленное до 100%. Датасет представляет собой статистические обезличенные данные, касающиеся групп людей.

Вот визуализация сета. За неё ещё раз спасибо Safronov.

Ограничения данных: автобусы — самая неточная часть датасета. Мы не можем точно знать, сколько людей проехало на автобусах из-за так называемых «серых» перевозчиков, которых мы не поддерживаем на платформе. Но мы постарались восстановить эти данные по известным маршрутам. В авиа и железной дороге данные куда более точные, но не на 100%. Мы не видим перемещения военных, персонала железной дороги, детские вагоны и прочие необычные билеты. Есть ряд перевозок вроде вертолётных маршрутов между городами Дальнего Востока и винтомоторной авиация Якутии. В авиации наше покрытие рынка очень хорошо по всей европейской части России и падает к востоку (во Владивостоке, Новосибирске и Хабаровске данные наиболее точны в восточной части страны). На железнодорожных билетах погрешность довольно мала.

Если человек ехал в поезде Москва – Петербург и вышел в Твери, то он считается за пассажира Москва – Тверь.

Можно получить более точные данные через разных перевозчиков, ведомства и официальную статистику, но это почти невозможно на практике в короткие сроки. Наши данные достаточны для оценки, но просто помните, что они также собраны и восстановлены с некоторой погрешностью.

Забрать его можно вот тут. Через пару часов будет публикация о том, как работает модель и что у неё под капотом, и ODS раскроет исходники. Там будет репозиторий с уже уложенным этим датасетом и другими (вроде поставленной в соответствие карты городов по названиям с координатами и количеством заболевших).

Если что-то сделаете с ним — покажите, пожалуйста, в личку или в мою почту noreply@tutu.ru.

Сценарии

Есть три базовых сценария: «мы ничего не трогаем, всё идёт как обычно» — дальше всё предсказуемо плохо по уровню заражения. Второй сценарий — «мы перекрываем всё авиасообщение и люди стараются сидеть дома, но машины и поезда продолжают ездить». Третий сценарий — закрытие основных транспортных хабов. С учётом свежих изменений, мы посчитали первый (в CSV есть выводы), но взяли также выводы четвёртого, где смоделировали сокращение трафика по стране до 10% от обычного.

По той же ссылке CSV сценариев.

Мировое сообщество не первый раз встречается с эпидемиями и не первый раз прогнозирует их развитие с помощью матмоделей. Математика местами сложная, но нейросети нужны. Но моделирование потоков между вершинами графа математически очень близко к самым современным архитектурам нейросетей. Алгоритмы распространения эпидемии давно известны, нужно только задать параметры вроде контагиозности. Которые за нас подсчитали китайцы, итальянцы и остальные, кто столкнулся с проблемой ранее. Прошлый пост с кучей ссылок на исследования, верифицированный врачами, во многом был сбором начальных данных для модели. Тем не менее ещё раз предупреждаю: в модели используются не совсем точные исходные данные, среди разработчиков нет профессиональных эпидемиологов (но мы пользуемся их алгоритмами), модель имеет свои ограничения. Детали по SIR будут в посте ODS. Оценочная точность — до порядка.

Работа модели выглядит так:

  1. Считаем распространение болезни за день.
  2. Считаем, сколько людей переехало в другой город на основе взвешенных векторов перевозок.
  3. Пересчитываем количество инфицированных в городах.
  4. Запускаем следующий такт.

Шум в начале модели вызван тем, что отправная точка — 22 марта 2020, и она не учитывает тех, кто заразился где-то за рубежом до этого и никак себя не проявил до теста в последующие дни. Важно и то, что опорные данные модели — это не фактическое количество больных, а количество протестированных с положительным тестом на COVID-19. То есть переносчиков по факту может быть больше, и цикл заражения сократится. Заражения внутри транспорта пока не учитываются в модели.

Результаты

Показываю два расчётных экстремума — что будет, если ничего не делать (вариант 1) и принять максимум мер, но не включать режим тотального карантина с границами по кварталам (вариант 2).

Всё по той же ссылке CSV выгрузки, в формате таблицы ниже.

Сценарий 1: самый быстрый

Сценарий 1 — самый плохой с точки зрения распространения инфекции, когда сохраняется 100% трафика между городами (сейчас он уже ниже), а люди не стараются самоизолироваться, например, ездят на автобусах и в метро на вот такие ярмарки, но при этом соблюдают рекомендации по мытью рук и стараются соблюдать дистанцию (с переменным успехом). Моделируется полгода, поэтому, например, Москва не будет излечена до состояния «менее тысячи инфицированных одновременно» в рамках периода отработки модели.

Параметры колонок — количество одновременно инфицированных пациентов (выздоровевшие туда не входят). Первый порог начинается с «больше тысячи» (это день, когда в городе число одновременно инфицированных превышает тысячу), дальше 10 и 100 тысяч. Четвёртая колонка — момент, когда субъективно можно переставать прятаться, меньше 1000 одновременно инфицированных.

Город >1000 >10.000 >100.000 <1000Москва 13 25 38 -Санкт-Петербург 23 33 45 -Ижевск 28 40 57 -Нижний Новгород 30 41 55 -Ростов-на-Дону 30 41 56 -Архангельск 32 44 - 172Брянск 32 44 64 174Воронеж 33 44 58 -Ярославль 33 45 61 -Сыктывкар 34 47 - 171Пенза 35 47 64 -Рязань 35 46 63 -Тула 35 46 64 -Симферополь (Крым) 36 48 - 178Белгород 37 49 - 177Иваново 37 49 - -Краснодар 37 48 63 -Липецк 37 48 66 -Саратов 37 48 63 -Смоленск 37 49 - 175Астрахань 38 49 67 -Волгоград 38 48 62 -Казань 38 48 63 -Сочи 38 50 - -Ставрополь 38 50 - -Тамбов 38 50 - 171Владимир 39 50 - 176Калуга 39 51 - 174Елец 40 54 - 152Каменск-Шахтинский 40 54 - 149Псков 40 52 - 165Чебоксары 40 52 73 -Алексин 41 59 - 140Новгород Великий 41 53 - 167Старый Оскол 41 53 - 165Волгодонск 42 54 - 160Вологда 42 53 - 174Екатеринбург 42 54 71 -Кострома 42 54 - 170Курск 42 53 - -Минеральные Воды 42 59 - 148Орёл 42 54 - 174Ржев 42 60 - 140Самара 42 53 69 -Таганрог 42 54 - 169Калининград 43 55 - -Кольчугино 43 63 - 133Махачкала 43 55 73 -Уфа 43 54 70 -Шахты 43 55 - 168Великие Луки 44 57 - 149Ливны 44 62 - 134Переславль-Залесский 44 68 - 131Пермь 44 55 72 -Узловая 44 61 - 136Белая Калитва 45 66 - 132Йошкар-Ола 45 57 - 171Моршанск 45 67 - 130Новочеркасск 45 58 - 161Рыбинск 45 57 - 164Тверь 45 56 - -Тихвин 45 61 - 138Вязьма 46 62 - 136Касимов 46 - - 126Киржач 46 - - 124Киров 46 - - 127Мурманск 46 58 - 176Муром 46 59 - 152Новосибирск 46 57 75 -Петрозаводск 46 58 - 174Скопин 46 - - 123Тюмень 46 58 80 -Челябинск 46 58 75 -Анапа 47 64 - 143Богородицк 47 - - 124Ейск 47 61 - 146Камышин 47 61 - 156Кинешма 47 61 - 146Красноярск 47 60 81 -Омск 47 59 77 -Оренбург 47 59 81 -Саранск 47 59 - 177Сергиев Посад 47 61 - 151Сургут 47 60 - -Углич 47 - - 126Ульяновск 47 58 78 -Ухта 47 61 - 154Химки 47 60 - 169Балаково 48 61 - 176Балашов 48 62 - 145Владикавказ 48 60 - -Гагарин 48 - - 123Данков 48 - - 115Дятьково 48 - - 122Ковров 48 60 - 158Новошахтинск 48 62 - 152Обнинск 48 61 - 150Пущино 48 - - 115Рассказово 48 67 - 131Рославль 48 64 - 135Сафоново 48 66 - 131Ярцево 48 65 - 132Валуйки 49 - - 126Вязники 49 71 - 129Губкин 49 63 - 147Десногорск 49 - - 122Зарайск 49 - - 118Керчь 49 62 - 159Лебедянь 49 - - 115Людиново 49 - - 129Миллерово 49 - - 127Мичуринск 49 63 - 149Можайск 49 - - 123Мценск 49 69 - 130Назрань 49 64 - 149Нелидово 49 - - 118Нижнекамск 49 62 - -Нижний Ломов 49 - - 116Севастополь 49 61 - -Элиста 49 62 - 151Волоколамск 50 - - 117Егорьевск 50 65 - 142Кузнецк 50 65 - 151Майкоп 50 63 - 160Озёры 50 - - 119Петровск 50 - - 124Протвино 50 - - 127Ряжск 50 - - 115Урюпинск 50 - - 130Чайковский 50 64 - 150Шуя 50 66 - 137Ялта 50 65 - 147Адлер 51 64 - 156Арзамас 51 65 - 154Армавир 51 64 - 170Борисоглебск 51 66 - 140Владивосток 51 64 94 -Кисловодск 51 65 - 160Коломна 51 65 - 163Набережные Челны 51 64 - -Остров 51 - - 115Павловск 51 - - 118Пикалёво 51 - - 115Пятигорск 51 64 - 165Россошь 51 67 - 140Ростов Великий 51 - - 122Сальск 51 67 - 140Серпухов 51 65 - 160Старая Русса 51 - - 123Тольятти 51 63 84 -Феодосия 51 66 - 143Хабаровск 51 64 92 -Юрьев-Польский 51 - - 113Алексеевка 52 - - 128Ахтубинск 52 - - 134Бокситогорск 52 - - 109Будённовск 52 68 - 142Гуково 52 69 - 143Кашин 52 - - 111Красный Сулин 52 - - 130Лодейное Поле 52 - - 114Михайловка 52 69 - 140Морозовск 52 - - 120Новороссийск 52 65 - 177Новый Уренгой 52 67 - 164Осташков 52 - - 115Руза 52 - - 105Сарапул 52 66 - 155Ступино 52 69 - 143Томск 52 65 - -Богучар 53 - - 102Вичуга 53 - - 127Вольск 53 69 - 143Выкса 53 71 - 139Грозный 53 67 - -Грязи 53 73 - 133Иркутск 53 66 - -Канаш 53 74 - 135Козельск 53 - - 111Лабинск 53 70 - 142Нальчик 53 66 - 178Невинномысск 53 66 - 157Новомичуринск 53 - - 112Орехово-Зуево 53 67 - 161Барнаул 54 68 102 -Ельня 54 - - 98Жирновск 54 - - 110Зверево 54 - - 116Кашира 54 - - 131Клинцы 54 72 - 143Конаково 54 - - 132Кропоткин 54 69 - 149Микунь 54 - - 99Михайлов 54 - - 102Обоянь 54 - - 104Семикаракорск 54 - - 118Сердобск 54 - - 127Суровикино 54 - - 114Сясьстрой 54 - - 104Белореченск 55 74 - 141Валдай 55 - - 108Воткинск 55 71 - 161Дзержинск 55 70 - -Железногорск 55 72 - 155Калач-на-Дону 55 - - 121Кингисепп 55 74 - 135Котово 55 - - 119Луга 55 - - 127Можга 55 77 - 140Невель 55 - - 108Нижневартовск 55 68 - -Опочка 55 - - 101Орск 55 70 - -Таруса 55 - - 97Чаплыгин 55 - - 102Череповец 55 68 - -Южа 55 - - 106Апатиты 56 74 - 143Благовещенск 56 - - 143Волжский 56 69 - -Выборг 56 72 - 152Геленджик 56 74 - 140Глазов 56 73 - 161Ессентуки 56 71 - 158Жердевка 56 - - 107Западная Двина 56 - - 98Ивангород 56 - - 97Ипатово 56 - - 121Калязин 56 - - 106Курган 56 70 - -Магадан 56 73 - 164Павлово 56 73 - 142Порхов 56 - - 99Суздаль 56 - - 100Сухиничи 56 - - 109Уварово 56 - - 122Усинск 56 - - 137Александров 57 75 - 145Белинский 57 - - 94Зеленокумск 57 - - 133Кемерово 57 72 - -Кириши 57 76 - 143Луховицы 57 - - 126Нефтекумск 57 - - 124Новоаннинский 57 - - 112Острогожск 57 - - 130Салехард 57 - - 142Светлоград 57 - - 132Сортавала 57 - - 114Сосенский 57 - - 102Сызрань 57 72 - -Темников 57 - - 90Ханты-Мансийск 57 75 - 166Чудово 57 - - 108Благодарный 58 - - 129Велиж 58 - - 91Вышний Волочёк 58 78 - 141Калининск 58 - - 110Кимры 58 77 - 139Магнитогорск 58 74 - -Медынь 58 - - 93Навашино 58 - - 111Надым 58 - - 143Новохопёрск 58 - - 88Ноябрьск 58 74 - 168Рузаевка 58 - - 142Спасск 58 - - 90Туапсе 58 75 - 146Улан-Удэ 58 74 - -Южно-Сахалинск 58 74 - -Юхнов 58 - - 90Якутск 58 73 - -Бежецк 59 - - 123Бобров 59 - - 116Гаврилов Посад 59 - - 87Городовиковск 59 - - 97Гусь-Хрустальный 59 78 - 148Евпатория 59 75 - 167Задонск 59 - - 97Зубцов 59 - - 90Кирсанов 59 - - 111Новозыбков 59 - - 139Олонец 59 - - 96Петропавловск-Камчатский59 76 - -Сольцы 59 - - 98Харабали 59 - - 114Шацк 59 - - 88Бологое 60 - - 123Вытегра 60 - - 100Гороховец 60 - - 107Дорогобуж 60 - - 100Звенигород 60 - - 112Изобильный 60 - - 139Котлас 60 81 - 151Краснослободск 60 - - 111Льгов 60 - - 120Новоалександровск 60 - - 125Новокузнецк 60 74 - -Окуловка 60 - - 104Пролетарск 60 - - 118Саров 60 77 - 163Сасово 60 - - 127Спас-Клепики 60 - - 85Торжок 60 - - 140Унеча 60 - - 125Устюжна 60 - - 97Балабаново 61 - - 127Бутурлиновка 61 - - 125Верея 61 - - 82Каменка 61 - - 138Лазаревское 61 78 - 164Новочебоксарск 61 79 - 179Печоры 61 - - 103Себеж 61 - - 87Сергач 61 - - 121Сланцы 61 - - 134Азов 62 82 - 167Аксай 62 - - 143Весьегонск 62 - - 93Воскресенск 62 83 - 173Вятские Поляны 62 - - 138Демидов 62 - - 91Димитровград 62 79 - 175Дно 62 - - 96Донской 62 85 - 160Жиздра 62 - - 84Инсар 62 - - 96Ковылкино 62 - - 123Кулебаки 62 - - 139Лысково 62 - - 122Нижний Тагил 62 77 - -Питкяранта 62 - - 103Поворино 62 - - 116Серафимович 62 - - 99Судогда 62 - - 104Тутаев 62 - - 142Цимлянск 62 - - 111Чита 62 80 - -Шумерля 62 - - 135Абакан 63 81 - -Алатырь 63 - - 142Бузулук 63 85 - 171Знаменск 63 - - 133Кизляр 63 - - 148Короча 63 - - 85Лиски 63 89 - 155Малоярославец 63 - - 135Ртищево 63 - - 144Суджа 63 - - 86Тихорецк 63 86 - 158Торопец 63 - - 108Березники 64 79 - -Вельск 64 - - 127Дербент 64 85 - -Нефтекамск 64 85 - -Норильск 64 83 - -Родники 64 - - 132Славянск-на-Кубани 64 88 - 160Тобольск 64 81 - 172Щигры 64 - - 118Агрыз 65 - - 129Братск 65 81 - -Волгореченск 65 - - 117Дмитров 65 91 - 164Донецк 65 - - 154Кореновск 65 - - 147Коряжма 65 - - 149Кубинка 65 - - 129Лакинск 65 - - 117Миасс 65 82 - -Мирный 65 - - 150Нарьян-Мар 65 - - 125Петушки 65 - - 116Покров 65 - - 120Псебай 65 - - 105Пустошка 65 - - 78Пучеж 65 - - 97Сандово 65 - - 92Севск 65 - - 93Староминская 65 - - 146Стерлитамак 65 82 - -Темрюк 65 - - 146Фурманов 65 - - 144Бугульма 66 88 - 176Воркута 66 91 - 170Гдов 66 - - 76Зеленодольск 66 89 - -Златоуст 66 82 - -Малая Вишера 66 - - 110Медвежьегорск 66 - - 115Рудня 66 - - 102Старица 66 - - 101Удомля 66 - - 134Фатеж 66 - - 84Алушта 67 - - 136Альметьевск 67 85 - -Горячий Ключ 67 - - 137Духовщина 67 - - 76Инза 67 - - 125Каменногорск 67 - - 92Крымск 67 - - 163Кызыл 67 88 - -Мантурово 67 - - 119Моздок 67 - - 144Мосальск 67 - - 75Няндома 67 - - 131Почеп 67 - - 125Прохладный 67 96 - 162Талдом 67 - - 116Тимашёвск 67 - - 160Анадырь 68 - - 115Волжск 68 - - 167Вуктыл 68 - - 110Георгиевск 68 93 - 172Губаха 68 - - 142Клин 68 95 - -Костомукша 68 - - 135Кувшиново 68 - - 107Никольск 68 - - 100Павловский Посад 68 100 - 173Печора 68 - - 152Усть-Лабинск 68 - - 157Шадринск 68 88 - 169Шатура 68 - - 145Янаул 68 - - 139Алапаевск 69 - - 152Бежаницы 69 - - 73Дагомыс 69 97 - 179Ершов 69 - - 129Кириллов 69 - - 97Когалым 69 - - 161Краснотурьинск 69 96 - 164Курганинск 69 - - 162Курчатов 69 - - 159Нерюнгри 69 - - 174Новый Оскол 69 - - 128Реж 69 - - 153Рыбное 69 - - 127Серов 69 90 - -Фролово 69 - - 153Хоста 69 95 - -Цивильск 69 - - 117Бийск 70 87 - -Волхов 70 - - 159Данилов 70 - - 122Качканар 70 - - 156Красный Холм 70 - - 89Макарьев 70 - - 95Маркс 70 - - 144Мегион 70 - - 156Невьянск 70 - - 141Нижняя Тура 70 - - 139Новосокольники 70 - - 100Починок 70 - - 103Снежинск 70 - - 160Суоярви 70 - - 105Сычёвка 70 - - 100Шарья 70 - - 136Ачинск 71 92 - -Домодедово 71 98 - -Кандалакша 71 - - 153Краснокамск 71 - - 171Кстово 71 - - 178Лахденпохья 71 - - 100Лоо 71 - - 101Максатиха 71 - - 99Оленегорск 71 - - 137Соликамск 71 93 - -Туймазы 71 105 - 177Железнодорожный 72 100 - -Каменск-Уральский 72 93 - -Канск 72 94 - -Новокуйбышевск 72 99 - -Новопавловск 72 - - 144Нурлат 72 - - 148Рошаль 72 - - 138Сегежа 72 - - 148Сысерть 72 - - 136Тавда 72 - - 150Тейково 72 - - 156Аткарск 73 - - 144Бабаево 73 - - 116Барыш 73 - - 131Емва 73 - - 124Зеленогорск (ЗАТО) 73 105 - 175Калач 73 - - 136Кировград 73 - - 138Котельнич 73 - - 145Лихославль 73 - - 115Нариманов 73 - - 115Наро-Фоминск 73 - - -Нерехта 73 - - 141Очёр 73 - - 127Палласовка 73 - - 126Приволжск 73 - - 130Пыть-Ях 73 - - 155Саки 73 - - 140Салават 73 96 - -Сатка 73 - - 159Чистополь 73 - - 175Чусовой 73 - - 161Шахунья 73 - - 138Андреаполь 74 - - 104Буй 74 - - 148Верхний Тагил 74 - - 122Гаврилов-Ям 74 - - 131Дегтярск 74 - - 129Ирбит 74 - - 155Лабытнанги 74 - - 149Павловская 74 - - -Североуральск 74 - - 148Удачный 74 - - 123Хвалынск 74 - - 120Кондрово 75 - - 131Онега 75 - - 143Сокол 75 - - 164Сухой Лог 75 - - 155Тотьма 75 - - 111Усть-Кут 75 - - 174Чебаркуль 75 - - 162Энгельс 75 101 - -Юрьевец 75 - - 113Аша 76 - - 152Баксан 76 - - 160Белоярский 76 - - 138Болгар 76 - - 107Дубна 76 - - -Иловля 76 - - 119Карпинск 76 - - 151Кыштым 76 - - 158Лаишево 76 - - 104Нефтеюганск 76 100 - -Новоуральск 76 106 - -Северодвинск 76 108 - -Советский 76 - - 149Солнечногорск 76 - - -Чернушка 76 - - 153Бавлы 77 - - 142Гатчина 77 117 - -Козьмодемьянск 77 - - 146Красноуфимск 77 - - -Кумертау 77 - - -Лесной 77 - - 175Минусинск 77 - - -Назарово 77 - - 173Октябрьский 77 110 - -Первомайск 77 - - 131Саяногорск 77 - - 172Стародуб 77 - - 141Струнино 77 - - 131Тулун 77 - - 174Усмань 77 - - 141Хадыженск 77 - - 144Ардатов 78 - - 115Болхов 78 - - 122Бронницы 78 - - 146Верхняя Салда 78 - - 168Галич 78 - - 138Голицыно 78 - - 139Горнозаводск 78 - - 123Ишим 78 - - -Касли 78 - - 134Красноармейск 78 - - 153Меленки 78 - - 131Нягань 78 - - 178Сураж 78 - - 123Талица 78 - - 136Щучье 78 - - 121Абинск 79 - - 169Горно-Алтайск 79 - - -Губкинский 79 - - 142Далматово 79 - - 128Дальнегорск 79 - - 164Карталы 79 - - 152Катайск 79 - - 132Куса 79 - - 139Мглин 79 - - 109Николаевск 79 - - 132Первоуральск 79 108 - -Сосногорск 79 - - 158Уржум 79 - - 119Учалы 79 - - 162Александровск 80 - - 130Артёмовский 80 - - 161Балашиха 80 117 - -Белово 80 - - -Боготол 80 - - 147Инта 80 - - 167Камешково 80 - - 128Камышлов 80 - - 153Котельниково 80 - - 148Красноуральск 80 - - 151Лысьва 80 - - -Сорочинск 80 - - 160Троицк 80 - - -Туринск 80 - - 139Чапаевск 80 - - -Юрга 80 116 - -Абдулино 81 - - 145Заозёрный 81 - - 126Катав-Ивановск 81 - - 138Кунгур 81 - - -Оса 81 - - 146Радужный 81 - - 137Рубцовск 81 108 - -Черноморское 81 - - 125Южно-Сухокумск 81 - - 121Южноуральск 81 - - 167Аркадак 82 - - 132Батайск 82 130 - -Белокуриха 82 - - 140Беслан 82 - - 176Верхний Уфалей 82 - - 159Верхняя Тура 82 - - 119Железноводск 82 - - 159Кизилюрт 82 - - 176Лениногорск 82 - - -Урень 82 - - 129Боровичи 83 - - -Бугуруслан 83 - - -Дюртюли 83 - - 170Лесосибирск 83 - - -Мамадыш 83 - - 134Новотроицк 83 - - -Саянск 83 - - 177Судак 83 - - 140Хотьково 83 - - 156Шумиха 83 - - 140Бородино 84 - - 143Дивногорск 84 - - 161Кемь 84 - - 131Комсомольск 84 - - 116Кувандык 84 - - 166Любим 84 - - 95Хасавюрт 84 132 - -Большой Камень (ЗАТО) 85 - - 174Колпино 85 135 - -Комсомольск-на-Амуре 85 117 - -Новомихайловский 85 - - 127Пласт 85 - - 141Тайшет 85 - - 172Харовск 85 - - 122Анжеро-Судженск 86 - - -Карабаш 86 - - 134Кондопога 86 - - 179Лангепас 86 - - -Нижние Серги 86 - - 128Полярные Зори 86 - - 142Тында 86 - - 178Шушенское 86 - - 145Ангарск 87 117 - -Жигулёвск 87 - - -Ивдель 87 - - 147Кодинск 87 - - 140Мелеуз 87 - - -Пыталово 87 - - 99Сим 87 - - 137Уссурийск 87 126 - -Шарыпово 87 - - 176Асбест 88 - - -Беломорск 88 - - 129Дмитриев-Льговский 88 - - 114Заволжск 88 - - 133Лукоянов 88 - - 144Майский 88 - - 174Михайловск 88 - - 122Находка 88 131 - -Новая Ляля 88 - - 133Новоузенск 88 - - 149Пестово 88 - - 148Подпорожье 88 - - 156Тара 88 - - 163Ужур 88 - - 144Югорск 88 - - 179Белозерск 89 - - 124Кугеси 89 - - 137Ленинск-Кузнецкий 89 - - -Богданович 90 - - 179Гудермес 90 - - -Енисейск 90 - - 153Кавалерово 90 - - 140Подольск 90 148 - -Славгород 90 - - 174Стрежевой 90 - - -Усть-Катав 90 - - 161Барабинск 91 - - 175Белогорск 91 - - -Верещагино 91 - - 170Верхнеуральск 91 - - 124Дубовка 91 - - 145Заводоуковск 91 - - 170Усолье-Сибирское 91 - - -Яранск 91 - - 154Азнакаево 92 - - -Елабуга 92 - - -Красный Кут 92 - - 148Куртамыш 92 - - 149Кушва 92 - - 178Менделеевск 92 - - 168Нея 92 - - 129Нижнеудинск 92 - - -Петров Вал 92 - - 140Тюкалинск 92 - - 134Мензелинск 93 - - 153Мотыгино 93 - - 104Пушкино 93 - - -Сибай 93 - - -Уяр 93 - - 139Гулькевичи 94 - - -Нязепетровск 94 - - 138Прокопьевск 94 143 - -Абаза 95 - - 155Заречный 95 - - -Иланский 95 - - 152Кораблино 95 - - 145Крутинка 95 - - 112Мариинск 95 - - -Пудож 95 - - 129Ревда 95 - - -Сковородино 95 - - 129Чехов 95 - - -Арсеньев 96 - - -Бодайбо 96 - - 150Дальнереченск 96 - - 178Черногорск 96 - - -Кизел 97 - - 168Коркино 97 - - -Приобье 97 - - 115Тосно 97 - - -Асино 98 - - 179Краснокаменск 98 - - -Междуреченск 98 - - -Ожерелье 98 - - 137Тайга 98 - - 172Трёхгорный 98 - - -Грязовец 99 - - 159Еманжелинск 99 - - -Ленск 99 - - 174Покачи 99 - - 158Алзамай 100 - - 113Ишимбай 100 - - -Медногорск 100 - - -Николаевск-на-Амуре 100 - - 175Юрюзань 100 - - 144Лесозаводск 101 - - -Красновишерск 102 - - 162Отрадный 102 - - -Перевоз 102 - - 132Горняк 103 - - 147Искитим 103 - - -Колпашево 103 - - -Свободный 103 - - -Фокино (ЗАТО) 103 - - -Кудымкар 104 - - -Новоалтайск 104 - - -Берёзово 105 - - 112Добрянка 105 - - -Зима 105 - - -Ноглики 105 - - 135Татарск 105 - - -Гурьевск 106 - - 147Нытва 106 - - 174Алейск 107 - - -Полевской 107 - - -Северобайкальск 107 - - -Биробиджан 109 - - -Советская Гавань 109 - - -Ялуторовск 109 - - -Змеиногорск 110 - - 140Оха 110 - - -Арамиль 111 - - 160Камень-на-Оби 111 - - -Пугачёв 112 - - -Яровое 114 - - 172Исилькуль 115 - - -Волчанск 117 - - 137Славянка 117 - - -Похвистнево 121 - - -Партизанск 122 - - -Семёнов 122 - - -Спасск-Дальний 123 - - -Усть-Илимск 123 - - -Камбарка 124 - - 144Урай 125 - - -Петровск-Забайкальский 131 - - -Белорецк 133 - - -Киселёвск 133 - - -Бердск 134 - - -Балей 135 - - 155Бикин 136 - - -Железногорск-Илимский 141 - - -Вихоревка 156 - - -Шимановск 163 - - -Бор 168 - - -Борзя 172 - - -Шахтерск 173 - - -

В модели также есть Алдан, Аргун, Арск, Артышта, Артём, Артёмовск, Аян, Бабушкин, Багдарин, Байкальск, Байкит, Батагай, Белая Гора, Белый, Берёзовый, Богородское, Болотное, Буинск, Ванавара, Ванино, Великий Устюг, Верхневилюйск, Верхотурье, Вилюйск, Вяземский, Гремячинск, Гусиноозёрск, Давлеканово, Депутатский, Диксон, Долинск, Ербогачён, Жиганск, Жуковка, Забайкальск, Завитинск, Заинск, Залахтовье, Заринск, Злынка, Зуевка, Зырянка, Игарка, Игрим, Избербаш, Изборск, Известковый, Казачинское, Калачинск, Калевала, Карагайский, Карасук, Карачев, Каргасок, Каргат, Кепервеем, Кинель, Киренск, Кола, Кослан, Красный Чикой, Купино, Курильск, Ленинск, Лобня, Луза, Любань, Макаров, Макушино, Малоархангельск, Мама, Манжерок, Мещовск, Миньяр, Могоча, Мураши, Мыски, Мытищи, Называевск, Нарткала, Нижнеангарск, Новоабзаково, Новоржев, Новосиль, Нюрба, Облучье, Обь, Озеро-Карачинское, Озёрск, Оленёк, Олёкминск, Омолон, Омсукчан, Охотск, Павелец, Певек, Пено, Петухово, Плёс, Поронайск, Пржевальское, Пряжа, Саккырыр, Салми, Саскылах, Светлогорск (Красноярск.), Северо-Енисейский, Сеймчан, Симеиз, Синяя Осока, Слюдянка, Соль-Илецк, Сонково, Сорск, Сосновка, Спас-Деменск, Среднеколымск, Сретенск, Сунтар, Сусуман, Таксимо, Талакан, Терек, Тикси, Тогучин, Толька, Томмот, Топки, Тура, Туран, Туруханск, Усть-Качка, Усть-Кокса, Усть-Куйга, Усть-Нера, Усть-Цильма, Хандыга, Хатанга, Хилок, Холм, Хонуу, Хотынец, Чара, Чемал, Черемхово, Черепаново, Чернолучье, Черский, Чокурдах, Чулым, Чумикан, Чёрмоз, Шилка, Эвенск, Южно-Курильск — эти города либо заражаются позднее моделируемого периода, либо не набирают 1000 инфицированных.

Сценарий 2

Самый «изолированный» сценарий. В нём остаются только 10% от трафика перевозок, то есть попадать из одной точки в другую становится куда тяжелее, но возможно. Это не полный карантин, а существенное снижение связности. Люди внутри городов не ходят на ярмарки и стараются самоизолироваться, но делают это не идеально, а в меру своего понимания. Моделируется период в 180 дней (соответственно, Барнаул, набравший тысячу больных на 174-й день модели не успеет набрать меньше тысячи больных в процессе «придавливания» эпидемии). Города, которых нет в таблице, не набирают больше 1000 больных или не заражаются.

Город >1000 >10.000 >100.000 <1000Москва 18 33 51 -Ижевск 40 60 - -Киров 42 - - 158Нижний Новгород 45 66 - -Архангельск 46 68 - -Брянск 46 67 - -Санкт-Петербург 46 62 88 -Ростов-на-Дону 56 76 - -Сыктывкар 61 91 - -Воронеж 62 86 - -Ярославль 63 88 - -Переславль-Залесский 65 - - 172Рязань 65 91 - -Пенза 66 94 - -Тула 66 93 - -Симферополь (Крым) 68 99 - -Алексин 69 - - -Калуга 69 108 - -Киржач 69 - - 160Белгород 70 103 - -Казань 70 103 - -Липецк 70 104 - -Иваново 71 105 - -Краснодар 71 104 - -Саратов 71 105 - -Астрахань 72 109 - -Каменск-Шахтинский 72 - - -Смоленск 72 110 - -Сочи 72 109 - -Тамбов 72 112 - -Волгоград 73 108 - -Елец 73 - - -Ставрополь 74 113 - -Владимир 75 118 - -Ржев 75 - - -Кольчугино 77 - - -Минеральные Воды 77 - - -Чебоксары 77 128 - -Старый Оскол 78 - - -Волгодонск 80 - - -Курск 81 - - -Таганрог 81 - - -Узловая 81 - - -Ливны 82 - - -Моршанск 82 - - -Орёл 82 - - -Екатеринбург 83 166 - -Скопин 83 - - 168Вологда 84 - - -Касимов 84 - - 173Кострома 84 - - -Пущино 84 - - 149Самара 84 178 - -Белая Калитва 85 - - -Нелидово 85 - - 157Псков 85 - - -Уфа 85 - - -Великие Луки 86 - - -Махачкала 86 - - -Шахты 86 - - -Калининград 87 - - -Богородицк 88 - - 175Пермь 89 - - -Данков 90 - - 155Йошкар-Ола 90 - - -Вязьма 91 - - -Новочеркасск 91 - - -Кашин 92 - - 141Рыбинск 92 - - -Таруса 92 - - 117Углич 92 - - -Нижний Ломов 93 - - 160Дятьково 94 - - 175Михайлов 94 - - 126Муром 94 - - -Новгород Великий 94 - - -Новосибирск 94 - - -Осташков 94 - - 147Тюмень 94 - - -Лебедянь 95 - - 157Мурманск 96 - - -Саранск 96 - - -Челябинск 96 - - -Анапа 97 - - -Кинешма 97 - - -Ульяновск 97 - - -Валуйки 98 - - -Гагарин 98 - - -Десногорск 98 - - 178Ейск 98 - - -Балашов 99 - - -Зарайск 99 - - 167Камышин 99 - - -Красноярск 99 - - -Можайск 99 - - -Обнинск 99 - - -Омск 99 - - -Рославль 99 - - -Руза 99 - - 135Химки 99 - - -Оренбург 100 - - -Рассказово 100 - - -Сафоново 100 - - -Сургут 100 - - -Балаково 101 - - -Людиново 101 - - -Озёры 102 - - 171Ухта 102 - - -Владикавказ 103 - - -Ряжск 103 - - 161Ярцево 103 - - -Богучар 104 - - 128Вязники 104 - - -Губкин 104 - - -Ковров 104 - - -Миллерово 104 - - -Тихвин 104 - - -Волоколамск 105 - - 165Мценск 105 - - -Сергиев Посад 105 - - -Элиста 105 - - -Юрьев-Польский 105 - - 154Новошахтинск 107 - - -Петровск 107 - - -Шуя 107 - - -Мичуринск 108 - - -Тверь 108 - - -Назрань 109 - - -Протвино 110 - - -Егорьевск 111 - - -Керчь 111 - - -Урюпинск 111 - - -Нижнекамск 112 - - -Кузнецк 113 - - -Павловск 113 - - 169Петрозаводск 114 - - -Ростов Великий 114 - - -Майкоп 116 - - -Россошь 117 - - -Борисоглебск 118 - - -Коломна 118 - - -Хабаровск 118 - - -Владивосток 119 - - -Серпухов 119 - - -Морозовск 120 - - 174Арзамас 122 - - -Чайковский 124 - - -Армавир 125 - - -Михайловка 126 - - -Томск 126 - - -Красный Сулин 127 - - -Ялта 127 - - -Алексеевка 128 - - -Ахтубинск 128 - - -Севастополь 128 - - -Феодосия 129 - - -Кисловодск 130 - - -Гуково 131 - - -Ступино 131 - - -Будённовск 133 - - -Новый Уренгой 133 - - -Иркутск 135 - - -Пятигорск 135 - - -Орехово-Зуево 137 - - -Выкса 141 - - -Сальск 141 - - -Вольск 145 - - -Тольятти 148 - - -Грязи 150 - - -Канаш 151 - - -Грозный 157 - - -Конаково 161 - - 176Адлер 164 - - -Сарапул 164 - - -Набережные Челны 173 - - -Барнаул 174 - - -

Я ещё раз напомню, что это моделирование распространения инфекции между городами, а не учёт смертности и остального. Вы можете помочь ODS, написав в личку mephistopheies.

Ещё важное: центр в Сколтехе решил выделить вычислительное время на суперкомпьютере Zhores для моделирования задач, так или иначе связанных со сдерживанием эпидемии. У них есть CPU-ноды (небольшая часть, но есть) и GPU-ноды (в нодах стоят по 4 Tesla P100). Если у вас есть распараллеленный под MPI CPU код или необходимость посчитать модели в параллельном режиме на GPU — подходит. Можно приносить любые задачи, которые как-нибудь связаны с борьбой с эпидемией, например по молекулярному моделированию, моделированию транспортных потоков и т.п. Контакты: sergey.sosnin@skoltech.ru или можно подать заявку напрямую.

Что это значит?

Российская логистика — одна из самых сложных в мире. У нас очень много изолированных городов, население значительно раскидано по планете, огромные пустые территории. Из плотносвязанного на западе граф превращается в слабосвязанный на востоке.

Это может означать, что можно отрезать существенные части графа от основных очагов (но, похоже, уже поздно из-за возвращавшихся в разные крупные города из-за границы).

Модели без учёта такого распространения очень сильно ограничены отсутствием нужных данных.

Сейчас фактор неравномерности населения означает, что можно резко переменить ход развития эпидемии, перекрывая транспортное сообщение.

Главный коммерческий вывод — возможно, локдаун сейчас дешевле, чем последствия дальше.

Я приглашаю вас не верить мне на слово, а расколупать модель, поковыряться в CSV и коде, докрутить и улучшить результат, который предоставило ODS. Собственно, сейчас сообщество работает над уточнениями модели.

И особо отмечу, что тот факт, что сообщество взялось за проект, сделало его и открывает результат — это огромный прецедент в пользу того, что сами данные нужно открывать. Потому что иногда они крайне полезны, даже если у вас нет времени или возможности с ними что-то сделать.

Ссылки в одном месте, большой пост с кучей ссылок на разные исследования, mephistopheies — ваш вход в ODS, если вы хотите помочь.

Показать больше

Похожие публикации

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *

Кнопка «Наверх»